El gobierno federal ha sido señalado por la falta de transparencia en la presentación de datos económicos y presupuestales de importantes proyectos y organismos. Se destaca que varias obras y programas, como el Tren Maya y la refinería Olmeca en Dos Bocas, han registrado sobrecostos significativos que no han sido plenamente esclarecidos debido a supuestos argumentos de seguridad nacional.
El Tren Maya, inicialmente presupuestado entre 120,000 y 150,000 millones de pesos, ha visto su inversión superar los 590,000 millones, casi cuatro veces más de lo previsto. Sin embargo, la información detallada sobre el uso de estos recursos es limitada, ya que la Secretaría de la Defensa Nacional y la Marina, encargadas de gran parte de las obras, argumentan razones de seguridad para restringir el acceso a los datos.
Por otro lado, la refinería Olmeca, ubicada en Tabasco, alcanzó un costo total de 20,959 millones de dólares, lo que representa un sobrecosto del 162% respecto al presupuesto inicial de 8,000 millones de dólares. A pesar de la inversión, la planta aún no contribuye significativamente a la producción de combustibles y continúa presentando fallas técnicas.
En materia de corrupción, el caso de Seguridad Alimentaria Mexicana (Segalmex) resalta como uno de los escándalos más graves del sexenio anterior, con un desfalco estimado en más de 15,000 millones de pesos. Esta institución, creada para apoyar a poblaciones vulnerables, fue utilizada para desvíos mediante contratos simulados y empresas fantasma. El exdirector Ignacio Ovalle, vinculado al fraude, fue posteriormente designado en un cargo dentro de la Secretaría de Gobernación.
La petrolera estatal Pemex también enfrenta cuestionamientos por discrepancias en sus reportes financieros. En 2023, la empresa reportó inicialmente una utilidad neta de 110,000 millones de pesos, cifra que fue ajustada a 8,151 millones tras auditorías externas. Estas diferencias reflejan debilidades en los controles internos y registros contables, y se han presentado durante las administraciones de Octavio Romero Oropeza y Víctor Rodríguez Padilla.
A pesar de estas irregularidades, no se han implementado investigaciones exhaustivas por parte del Congreso, lo que ha generado críticas sobre la falta de supervisión efectiva en el manejo de recursos públicos. La narrativa oficial ha intentado destacar el control estatal de Pemex como un logro, mientras que la deuda y los problemas financieros de la empresa continúan en aumento.